Original description:
- Miranda Ribeiro, A. de. 1918. "Dous generos e tres especies novas de peixes Brasileiros determinados nas collecções do Museu Paulista". Revista do Museo Paulista. 787-791 (crc00079)
Type species: Geophagus balzanii Perugia, 1891 (monotypy).
Described species included (27):
valid: 20 synonym: 7- Geophagus gymnogenys Hensel, 1870 (valid)
- Geophagus labiatus Hensel, 1870 (valid)
- Geophagus rhabdotus Hensel, 1870 (valid)
- Geophagus bucephalus Hensel, 1870 (synonym)
- Geophagus pygmaeus Hensel , 1870 (synonym)
- Geophagus scymnophilus Hensel, 1870 (synonym)
- Geophagus balzanii Perugia, 1891 (valid)
- Geophagus camurus Cope, 1894 (synonym)
- Geophagus brachyurus Cope, 1894 (synonym)
- Geophagus duodecimspinosus Boulenger, 1895 (synonym)
- Geophagus australe Eigenmann, 1907 (valid)
- Gymnogeophagus cyanopterus de Miranda-Ribeiro, 1918 (synonym)
- Gymnogeophagus meridionalis Reis & Malabarba, 1988 (valid)
- Gymnogeophagus lacustris Reis & Malabarba, 1988 (valid)
- Gymnogeophagus setequedas Reis, Malabarba & Pavanelli, 1992 (valid)
- Gymnogeophagus che Casciotta, Gómez & Toresani, 2000 (valid)
- Gymnogeophagus caaguazuensis Staeck, 2006 (valid)
- Gymnogeophagus tiraparae González-Bergonzoni, Loureiro & Oviedo, 2009 (valid)
- Gymnogeophagus mekinos Malabarba, Malabarba & Reis, 2015 (valid)
- Gymnogeophagus pseudolabiatus Malabarba, Malabarba & Reis, 2015 (valid)
- Gymnogeophagus constellatus Malabarba, Malabarba & Reis, 2015 (valid)
- Gymnogeophagus missioneiro Malabarba, Malabarba & Reis, 2015 (valid)
- Gymnogeophagus lipokarenos Malabarba, Malabarba & Reis, 2015 (valid)
- Gymnogeophagus terrapurpura Loureiro, Zarucki, Malabarba & González-Bergonzoni, 2016 (valid)
- Gymnogeophagus taroba Casciotta, Almirón, Piálek & Říčan, 2017 (valid)
- Gymnogeophagus peliochelynion Turcati, Serra Alanis & Malabarba1, 2018 (valid)
- Gymnogeophagus jaryi Alonso, Terán, Aguilera, Říčan, Casciotta, Serra, Almirón, Benítez, Garcia & Mirande, 2019 (valid)
Potentially undescribed species (2):
- sp. 'blue neon' (undescribed)
- sp. 'catalancito' (undescribed)